Detecção de vírus respiratório por PCR em tempo real em infecção aguda do trato respiratório superior, Vitória-ES

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dc.contributor.advisor-co1Silva, Rita Elizabeth Checon de Freitas
dc.contributor.advisor1Spano, Liliana Cruz
dc.contributor.authorMartins Júnior, Ronaldo Bragança
dc.contributor.referee1Siqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira de
dc.contributor.referee2Nunes, Ana Paula Ferreira
dc.date.accessioned2016-12-23T13:56:12Z
dc.date.available2012-08-20
dc.date.available2016-12-23T13:56:12Z
dc.date.issued2012-05-11
dc.description.abstractViruses are the major contributors to morbidity and mortality of upper and lower acute respiratory infections (ARI), in all age groups. The aim of this study was to determine the frequency of 18 respiratory viruses by polymerase chain reaction, in the real-time reverse transcription-multiplex PCR (multiplex RT-rtPCR) in specimens of patients with ARI treated in emergency care and basic health unit, located in Vitória, Espírito Santo. Nasopharyngeal aspirates were obtained from 162 individuals between August 2007 and August 2009. The specimens were tested for the presence of respiratory syncytial virus (RSV), parainfluenza 1, 2, 3 (PIV-1-3), adenovirus (AdV) and A and B influenza virus (Flu A / B) by indirect immunofluorescence (IFA). Nucleic acid was extracted from clinical samples using the kit "Pure Magna Nucleic Acid Isolation Total LC" (Roche, 12.0) by means of automated method. By multiplex RT-rtPCR the following respiratory viral and bacterial pathogens were investigated: (i) Flu A, (ii) Flu A H1N1 (pdn09), (iii) Flu B (iv) rhinovirus (HRV), (v) NL63 coronavirus (HCoV-63 ), 229E (HCoV-229), OC43 (HCoV-43) and HKU1 (HCoV-HKU), (vi) PIV1-4 (vii) A and B human metapneumovirus (hMPV A / B), (viii) RSV / B, (ix) AdV, (x) enterovirus (EV), (xi) human parechovirus (HPeV), (xii) human bocavirus (HBoV), (xiii) Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus and Streptococcus pneumoniae. IFA revealed 32 (21,2%) positive samples for the following viruses: 13 Flu A (8.1%), 9 Flu B (5.6%), 2 PIV-1 (1.2%), 2 PIV-3 (1.2 %) and 6 RSV (3.7%). There was no positive sample for AdV and PIV-2. Multiplex RTrtPCR detected 71 (43,8%) positive samples, with the following results: Flu A H1N1 (pdn09) (1.2%), 6 Flu A (3.7%), 10 Flu B (6.2%), 13 HRV (8%), 3 HCoV-43 (1.9%), 1 HCoV-63 (0.6%), 1 HCoV-HKU (0.6%), 3 PIV-1 (1.9%), 1 PIV-2 (0.6%), 4 PIV-3 (2.5%), 2 PIV-4 (1.2%), 5 HBoV (3.1%), 5 hMPV (3.1%), 1 AdV (0.6%), 2 EV (1.2%) and 12 RSV (7.4%). There was no positive sample for Cor-229 and HPeV. We observed six cases of mixed viruses infections (RSV/Flu A,RSV/HBoV, RSV/HCoV-63, HRV/HBoV, HRV/PIV-3, HCoV-43/hMPV). The use of multiplex RT-rtPCR increased by 22,6% the viral detection and revealed all respiratory viruses of medical importance in cases of ARI studied. The most prevalent virus was the Flu. Then came the HRV in all age groups, and also RSV in children 0-2 years.The recent respiratory viruses (HBoV, HMPV, Flu A H1N1 (pdn09), HCoV-63 e HCoV-HKU) were found in frequency of 8.6%. Further studies will clarify the epidemiology of respiratory viruses in Victoria metropolitan regioneng
dc.description.resumoOs vírus são os principais contribuintes para a morbidade e mortalidade por infecções respiratórias agudas (IRA) do trato respiratório superior e inferior, em todas as faixas etárias. O objetivo desse estudo foi determinar a frequência de 18 vírus respiratórios através de transcrição reversa seguida por reação em cadeia pela polimerase em tempo real, no formato "multiplex" (RT-rtPCR multiplex), em espécimes de indivíduos com IRA, atendidos em Pronto-Atendimento e em Unidade Básica de Saúde, situados no município de Vitória, Espírito Santo. Foram obtidos aspirados de nasofaringe de 162 indivíduos entre os meses de agosto de 2007 a agosto de 2009. Os espécimes foram testados inicialmente para presença de vírus sincicial respiratório (VSR), parainfluenza 1, 2, 3 (PIV-1-3), adenovírus (AdV) e vírus influenza A e B (Flu A/B) através de reação de imunofluorescência indireta (RIFI). Ácido nucleico foi extraído das amostras clínicas por meio do kit "MagNA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation" (ROCHE, versão 12.0), através de método automatizado. Com o RT-rtPCR multiplex foram investigados os seguintes patógenos respiratórios virais e bacterianos: (i) Flu A, (ii) Flu A H1N1 (pdn09) ; (iii) Flu B; (iv) rinovírus (HRV); (v) coronavírus NL63 (HCoV63), 229E (HCoV229), OC43 (HCoV43) e HKU1 (HCoVHKU); (vi) PIV1-4; (vii) metapneumovírus humano A e B (hMPV A/B); (viii) VSR A/B; (ix) AdV; (x) enterovírus (EV); (xi) parechovírus humano (HPeV); (xii) bocavírus humano (HBoV); (xiii) Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Haemophilus influenzae, Staphylococcus aureus e Streptococcus pneumoniae. Foram encontrados, através de RIFI, 32 (19,7%) amostras positivas para os seguintes vírus: 13 Flu A (8.1%), 9 Flu B (5.6%), 2 PIV-1 (1.2%), 2 PIV-3 (1.2%) e 6 VSR (3.7%). Não houve amostras positivas para AdV e PIV-2. Através de RT-rtPCR foram detectadas 71 (43,8%) amostras positivas, com os seguintes resultados: 2 Flu A H1N1 (pdn09) (1.2%), 6 Flu A (3.7%), 10 Flu B (6.2%), 13 HRV (8%), 3 HCoV-43 (1.9%), 1 HCoV-63 (0.6%), 1 HCoV-HKU (0.6%), 3 PIV-1 (1.9%), 1 PIV-2 (0.6%), 4 PIV-3 (2.5%), 2 PIV-4 (1.2%), 5 HBoV (3.1%), 5 hMPV (3.1%), 1 AdV (0.6%), 2 EV (1.2%) e 12 VSR (7.4%). Não houve amostras positivas para HCoV229 e HPeV. Foram observados seis casos de infecção mista viral (VSR/Flu A, VSR/HBoV, VSR/HCoV-63, HRV/HBoV, HRV/PIV-3, HCoV-43/hMPV). O uso da técnica de RT-rtPCR multiplex aumentou a detecção viral em 22,6% e permitiu evidenciar a circulação de todos os vírus respiratórios de importância médica nos casos de IRA estudados. O vírus mais prevalente foi o Flu, seguido por HRV, em todas as faixas etárias, e por VSR nas crianças de zero a dois anos. Os vírus respiratórios mais recentes (HBoV, hMPV, Flu A H1N1 (pdn09), HCoV-63 e HCoV-HKU) foram encontrados com freqüência de 8,6%. Estudos posteriores esclarecerão o perfil epidemiológico das viroses respiratórias na região metropolitana de Vitória.
dc.formatText
dc.identifier.citationMARTINS JÚNIOR, Ronaldo Bragança. Detecção de vírus respiratório por PCR em tempo real em infecção aguda do trato respiratório superior, Vitória-ES. 2012. 125 f. Dissertação (Mestrado em Doenças Infecciosas) - Programa de Pós-Graduação em Doenças Infecciosas, Universidade Federal do Espírito Santo, Vitória, 2012.
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/5957
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santo
dc.publisher.countryBR
dc.publisher.courseMestrado em Doenças Infecciosas
dc.publisher.departmentCentro de Ciências da Saúde
dc.publisher.initialsUFES
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Doenças Infecciosas
dc.rightsopen access
dc.subjectAcute respiratory infectionseng
dc.subjectEmerging respiratory viruseseng
dc.subjectInfecções respiratóriaspor
dc.subjectVíruspor
dc.subjectReação em cadeia de polimerasepor
dc.subjectMultiplexpor
dc.subjectInfluenzapor
dc.subject.cnpqDoenças Infecciosas e Parasitárias
dc.subject.udc61
dc.titleDetecção de vírus respiratório por PCR em tempo real em infecção aguda do trato respiratório superior, Vitória-ES
dc.typemasterThesis
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