Filogeografia comparada de espécies de Trinomys (Rodentia: Echimyidae) na região central da Mata Atlântica

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dc.contributor.advisor1Leite, Yuri Luiz Reis
dc.contributor.authorAgrizzi, Juliander
dc.contributor.referee1Santos, José Wellington Alves dos
dc.contributor.referee2Costa, Leonora Pires
dc.date.accessioned2016-08-29T15:09:19Z
dc.date.available2016-07-11
dc.date.available2016-08-29T15:09:19Z
dc.date.issued2012-02-27
dc.description.abstractEchimyidae spiny rats are the most diverse family among hystrichognath rodents from both taxonomic and phenotypic perspectives. In this family, Trinomysspecies are restricted to eastern Brazil, and their distribution is associated with the Atlantic Forest. Data from the literature suggest that the extensive intraspecific variation in this genus makes the task of allocating museum specimens to the 13 currently described species very difficult. Most of the studies on this genus are based on phenotypic traits and those that included molecular analyses examined a few genes or a small number of specimens. The goal of the present paper is to identify and compare the geographical structure of the genetic diversity in populations of three Trinomys species, T. paratus, T. panama, and T. setosus, which occur in the central region of the AtlanticForest. We sequenced and analyzed the mitochondrial cytochrome b (cytb) gene and the nuclear von Willebrand Factor gene (vWF) of 103 specimens. The concatenated gene phylogeny confirmed the monophyly and the high level of sequence divergence among the three species. We identified two diverging phylogroups in T. setosus and in T. panama, well supported in different analyses, indicating that these phylogroups are distinct taxonomic units. According to our molecular dating, the diversification of the lineages leading to these the three species of Trinomys must have occurred in the Upper Miocene, while intraspecific diversification took place mainly in the Pliocene and Pleistocene. The haplotype networks indicated that populations of the three Trinomysspecies are geographically structured in the central region of the Atlantic Forest. Cytb haplotype networks were geographically more structured than vWF networks, suggesting that females of these species have smaller home ranges and do not disperse as far as males do, because mitochondrial DNA is maternally inherited. Populations of both T. setosus and T. panema do not share cytb haplotypes, show isolation by distance and no evidence of recent demographic expansion. The opposite was observed in T. paratus, in which most specimens analyzed were from nearby, lowland regions, facilitating gene flow and, therefore haplotype sharing.
dc.description.resumoOs roedores de espinho Echimyidae são a família mais diversa em termos taxonômicos e fenotípicos dentre os roedores histricognatos. Nessa família, as espécies de Trinomys são restritas à região leste do Brasil, com distribuição associada à Mata Atlântica. Dados da literatura sugerem que a grande a variação intraespecífica nesse gênero dificulta a tarefa de se alocar espécimes de museu às 13 espécies atualmente descritas. Dos poucos trabalhos realizados com esse gênero, a maioria se baseou em dados fenotípicos e aqueles que abordaram análises moleculares consideraram poucos genes ou número de exemplares reduzido. O objetivo do presente trabalho foi identificar e comparar a estrutura geográfica da diversidade genética das populações de três espécies de Trinomys, T. paratus, T. panema e T. setosus, que ocorrem na região central da Mata Atlântica. Para tal, foram sequenciados e analisados o gene mitocondrial do citocromo b (citb) e um gene nuclear do fator von Willebrand (vWF) de 103 espécimes. A filogenia concatenada dos genes confirmou a monofilia e o alto grau de divergência genética entre essas três espécies. Foram identificados dois filogrupos divergentes tanto em T. setosus e quanto em T. panema, sendo sustentados nas diferentes análises, indicando que sejam unidades taxonômicas distintas. Segundo a datação molecular, a diversificação das linhagens que levam à essas três espécies de Trinomys ocorreu no Mioceno Superior, enquanto a diversificação intraespecífica aconteceu principalmente no Plioceno e Pleistoceno. As redes haplotípicas indicaram que populações dessas três espécies de Trinomys apresentam certa estruturação geográfica na região central da Mata Atlântica. As redes de citb mostraram-se geograficamente mais estruturadas do que as de vWF, o que sugere que as fêmeas dessas espécies de Trinomys devem ter áreas de uso menores e provavelmente dispersam menos do que os machos, pois o gene mitocondrial é transmitido de forma maternal. As populações de T. setosus e T. panema não possuem haplótipos compartilhados de citb, apresentam isolamento por distância e não demonstram sinais de expansão populacional recente. Já o contrário foi observado em T. paratus, onde a maioria dos espécimes analisados foram de baixada e de regiões próximas, facilitando o fluxo gênico e consequentemente o compartilhamento de haplótipos.
dc.formatText
dc.identifier.citationAGRIZZI, Juliander. Filogeografia comparada de espécies de Trinomys (Rodentia: Echimyidae) na região central da Mata Atlântica. 2013. 36 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Animal) - Universidade Federal do Espírito Santo, Centro de Ciências Humanas e Naturais, Vitória, 2013.
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/3836
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santo
dc.publisher.countryBR
dc.publisher.courseMestrado em Biologia Animal
dc.publisher.initialsUFES
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Ciências Biológicas
dc.rightsopen access
dc.subjectBiogeographyeng
dc.subjectCytochrome beng
dc.subjectGenetic diversityeng
dc.subjectPhylogenyeng
dc.subjectVon Willebrand Factoreng
dc.subjectBiogeografiapor
dc.subjectCitocromo bpor
dc.subjectDiversidade genéticapor
dc.subject.br-rjbnFilogeografia
dc.subject.br-rjbnFilogenia
dc.subject.br-rjbnDiversidade biológica
dc.subject.br-rjbnVon Willebrand, Fator de
dc.subject.cnpqZoologia
dc.subject.udc57
dc.titleFilogeografia comparada de espécies de Trinomys (Rodentia: Echimyidae) na região central da Mata Atlântica
dc.typemasterThesis
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