Diversificação de roedores do gênero Phyllomys (Mammalia: Rodentia: Echimyidae) na Mata Atlântica brasileira

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dc.contributor.advisorLeite, Yuri Luiz Reis
dc.contributor.refereeCosta, Leonora Pires
dc.contributor.refereeFagundes, Valéria
dc.contributor.refereePatton, James Lloyd
dc.contributor.refereePercequillo, Alexandre Reis
dc.date.accessioned2016-08-29T15:09:09Z
dc.date.available2016-07-11
dc.date.available2016-08-29T15:09:09Z
dc.identifier.citationLOSS, Ana Carolina... Diversificação de roedores do gênero Phyllomys (Mammalia: Rodentia: Echimyidae) na Mata Atlântica brasileira. 2010. Dissertação (Mestrado em Biologia animal) – Universidade Federal do Espírito Santo, Centro de Ciências Humanas e Naturais, Vitória, 2010.
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/3816
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santopor
dc.publisher.countryBRpor
dc.publisher.courseMestrado em Biologia Animalpor
dc.publisher.initialsUFESpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Biologia Animal)por
dc.subject.br-rjbnBiogeografiapor
dc.subject.br-rjbnFilogeniapor
dc.subject.br-rjbnRato-de-espinhopor
dc.subject.cnpqZoologiapor
dc.subject.udc57
dc.titleDiversificação de roedores do gênero Phyllomys (Mammalia: Rodentia: Echimyidae) na Mata Atlântica brasileirapor
dc.typemasterThesisen
dcterms.abstractOs ratos-de-espinho do gênero Phyllomys são roedores arborícolas neotropicais, endêmicos da Mata Atlântica brasileira. Análises moleculares prévias com o gene mitocondrial do citocromo b (citb) resultaram em uma politomia basal das espécies do gênero, indicando rápida diversificação entre elas. A fim de testar a hipótese de rápida diversificação e datar os períodos de especiação, a matriz de dados foi ampliada com a adição de mais indivíduos e marcadores moleculares. Foram sequênciados os genes nucleares da proteína ligante do fotoreceptor retinóide (IRBP, exon 1) e do fator de von Willebrand (vWF, exon 28), e os genes mitocondriais do citb e do citocromo c oxidase I (COI), resultando em uma matriz com 47 sequências de 3.876 pares de base. O vWF foi mais informativo para inferir filogenia interespecífica de Phyllomys do que o IRBP, que é muito conservado nesse nível. A filogenia inferida a partir dos dados concatenados forneceu maior suporte para as relações entre as espécies de Phyllomys do que a de dados mitocondriais ou nucleares individualmente e a adição de genes nucleares e do COI adicionou resolução a politomia basal encontrada previamente com dados do citb. A filogenia resultante indica dois clados basais, um formado por P. pattoni e P. mantiqueirensis e outro formado por quatro linhagens evolutivas distintas: clado sul ((P. sulinus + P. nigrispinus) + P. dasythrix), clado nordeste ((((P. brasiliensis + P. lamarum) + P. blainvilii) + Phyllomys sp. 1)+ Phyllomys sp. 2), Phyllomys sp. 3, P. lundi. Os padrões de distribuição geográfica e a filogenia apontam para diversificação rápida parapátrica das espécies ao longo de gradientes ecológicos, inicialmente altitudinal (9,8 ± 5,7) e posteriormente latitudinal (8,3 ± 5,3 milhões de anos atrás). A descoberta de três potenciais espécies ainda não descritas incita uma reavaliação taxonômica e de distribuição geográfica de algumas espécies do gênero, além da definição de estratégias que favoreçam a conservação desse grupo diverso na Mata Atlântica, um dos biomas mais diversos e ameaçados do planeta.por
dcterms.abstractThe Neotropical rodents of the Echimyidae family are the most diverse among the Caviomorpha clade. Little is known about the geographic range, natural history and evolution of several Echimyidae members, despite its high diversity. The taxonomic history of the family is confusing and some groups are rare in scientific collections, resulting in less conclusive inferences about evolutionary and biological traits, which are based on a few individuals. Molecular phylogenies do not support the taxonomic classification based on morphological traits, highlighting the complexity of the evolutionary history of this group. Five Echimyidae genera occur within the Atlantic Forest range: the bamboo-rat, Kannabateomys; the arboreal Phyllomys and Callistomys; the terrestrial Trinomys; and the semi-fossorial Euryzygomatomys. In the present study I used DNA sequences to investigate the phylogeny and evolutionary history of three echimyids from the Atlantic Forest at three different taxonomic levels: family, genus, and species. The first chapter investigates the phylogenetic position of Callistomys within Echimyidae using sequences of one mitochondrial (CytB) and three nuclear (GHR, RAG1 and vWF) markers. The results show that Callistomys forms a clade with the semi-aquatic coypu (Myocastor) from the grasslands in the southern South America and terrestrial spiny rats (Proechimys) from the Amazon forest. This clade is sister to Thrichomys, a terrestrial rat from the dry lands of central South America. These clades are unexpected, given the contrasting morphology, ecology, and geographic ranges of its members. The resulting echimyid phylogeny indicates that Callistomys is not closely related to the other arboreal echimyids, and suggest that arboreal habits evolved more than once in this family. The second chapter investigates aspects of the phylogeny, evolution and species limits in the genus Phyllomys using two mitochondrial (CytB and COI) and three nuclear (GHR, RAG1 and vWF) markers. Three main species groups were identified: one with a longitudinal distribution through the central portion of the Atlantic Forest (P. pattoni (P. mantiqueirensis, Phyllomys sp. 4)); one distributed along the northern portion of the Atlantic Forest (Phyllomys sp. 2 (P. blainvilii (P. brasiliensis, P. lamarum))) and another along the southern portion (Phyllomys sp. 3 ((Phyllomys sp. 1, P. lundi), (Phyllomys sp. 5 (P. dasythrix (P. nigrispinus (P. sulinus, Phyllomys sp. 6)))))). Two independent evolutionary linages were identified, probably representing new species, raising the potential number of Phyllomys species from 17 to 19. These phylogenies, together with geographic distribution data, suggest that the diversification and distribution of Phyllomys species were affected by the concomitant action of different factors, such as neotectonics, altitudinal and latitudinal gradients, and climate change acting since the Miocene, underlining the first diversifications within Phyllomys until more recent speciation events, during the Pleistocene. The third chapter explores the genetic variation, geographic distribution and taxonomic status of the species Euryzygomatomys spinosus using two mitochondrial markers (CytB and D-loop). The results show that E. spinosus is distributed along the Atlantic Forest and surrounding areas, south of the Rio Doce in Brazil, Paraguay, and Argentina, including a confirmed occurrence in the Cerrado. This species occupies very distinct habitats and may be consider a generalist. The populations are genetically structured along its distribution and the genetic data corroborate the current taxonomy, which considers only one species in the genus, E. spinous.en
dcterms.creatorLoss, Ana Carolina
dcterms.formatTexten
dcterms.issued2010-02-22
dcterms.languagepor
dcterms.subjectCallistomysen
dcterms.subjectEuryzygomatomysen
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