Population genomics and plhylogeography of Euterpe edulis

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dc.contributor.advisor1Ferreira, Marcia Flores da Silva
dc.contributor.advisor1IDhttps://orcid.org/0000-0003-1541-6634
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5719813884063445
dc.contributor.authorAlmeida, Francine Alves Nogueira de
dc.contributor.authorIDhttps://orcid.org/0000000216339477
dc.contributor.authorLatteshttp://lattes.cnpq.br/0529299362045471
dc.contributor.referee1Ferreira, Adesio
dc.contributor.referee1IDhttps://orcid.org/0000000270001725
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5400370038397801
dc.contributor.referee2Alexandre, Rodrigo Sobreira
dc.contributor.referee2IDhttps://orcid.org/0000000252486773
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/5340049196888351
dc.contributor.referee3Costa, Andrea Ferreira da
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/4757007266777881
dc.contributor.referee4Zucchi, Maria Imaculada
dc.contributor.referee5Vieira, Lucas Donizetti
dc.contributor.referee6Bacon, Christine Dorothy
dc.date.accessioned2024-05-30T01:43:02Z
dc.date.available2024-05-30T01:43:02Z
dc.date.issued2023-03-17
dc.description.abstractThe Atlantic Forest is one of the five priority global biodiversity hotspots for conservation. Along its distribution, the vegetation presents different characteristics due to biogeographic variation. The palm Euterpe edulis Mart., popularly known as Juçara, is a key species in this biome, with an important ecological role. It is a highly valued food source and is used for a variety of purposes, including the production of juice, jelly, and cosmetics. Knowledge about the diversity and genetic structure are important for the management and conservation of this species and explain the diversity pattern in Atlantic Forest of Brazil. Therefore, this work intends to understand the evolutionary and historical processes that led to genetic diversity and the genetic pattern of current distribution of species in this biome. For this purpose, three types of molecular markers (SNP, Silico-DarT and SSR) were evaluated to estimate the diversity and genetic structure of E. edulis populations collected along the Atlantic Forest of Brazil. Making it possible to choose the marker that would best answer our questions. Then, species distribution models over the last 130,000 years were used to correlate seven biogeographical variables, related to temperature and precipitation, with genetic differentiation between populations and species distribution. Thus, it was possible to test whether there is influence of adaptive selection, geographical distance, and climatic stability on the genetic pattern of Euterpe edulis populations. Our results suggest that SNP and Silico- DArT markers are effective for assessing population structure, but SSR are better able to detect diversity between samples. We show that in addition to genetic drift, natural selection is also acting on the population structure of E. edulis. Additionally, several SNPs with selection signals were observed in genes associated with constitutive and adaptive traits. Ecological niche models show a decline in areas suitable for E. edulis over the last 130,000 years and that the current pattern of genetic diversity of E. edulis is a result of geographic distance between populations and little related to resistance isolation. In conclusion, this study is very relevant for E. edulis conservation programs and evolutionary studies of other species that occur in the Atlantic Forest.
dc.description.resumoA Mata Atlântica é um dos cinco hotspots globais prioritários de biodiversidade para conservação. Ao longo de sua distribuição, a vegetação apresenta características diferenciadas devido à variação biogeográfica. A palmeira Euterpe edulis Mart., popularmente conhecida como Juçara, é uma espécie chave neste bioma, com importante papel ecológico. É uma fonte alimentar altamente valorizada e é utilizada para diversos fins, incluindo a produção de sucos, geleias e cosméticos. O conhecimento sobre a diversidade e estrutura genética é importante para o manejo e conservação desta espécie e explica o padrão de diversidade na Mata Atlântica do Brasil. Portanto, este trabalho pretende compreender os processos evolutivos e históricos que levaram à diversidade genética e o padrão genético de distribuição atual das espécies neste bioma. Para tanto, três tipos de marcadores moleculares (SNP, Silico-DarT e SSR) foram avaliados para estimar a diversidade e estrutura genética de populações de E. edulis coletadas ao longo da Mata Atlântica do Brasil. Tornando possível escolher o marcador que melhor responderia às nossas dúvidas. Em seguida, foram utilizados modelos de distribuição de espécies ao longo dos últimos 130 mil anos para correlacionar sete variáveis biogeográficas, relacionadas à temperatura e precipitação, com a diferenciação genética entre populações e distribuição de espécies. Assim, foi possível testar se existe influência da seleção adaptativa, distância geográfica e estabilidade climática no padrão genético de populações de Euterpe edulis. Nossos resultados sugerem que os marcadores SNP e Silico-DArT são eficazes para avaliar a estrutura populacional, mas o SSR é mais capaz de detectar a diversidade entre as amostras. Mostramos que além da deriva genética, a seleção natural também atua na estrutura populacional de E. edulis. Além disso, vários SNPs com sinais de seleção foram observados em genes associados a características constitutivas e adaptativas. Modelos de nicho ecológico mostram um declínio nas áreas adequadas para E. edulis nos últimos 130.000 anos e que o padrão atual de diversidade genética de E. edulis é resultado da distância geográfica entre as populações e pouco relacionado ao isolamento de resistência. Concluindo, este estudo é muito relevante para programas de conservação de E. edulis e estudos evolutivos de outras espécies que ocorrem na Mata Atlântica.
dc.formatText
dc.identifier.urihttp://repositorio.ufes.br/handle/10/17281
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal do Espírito Santo
dc.publisher.countryBR
dc.publisher.courseDoutorado em Genética e Melhoramento
dc.publisher.departmentCentro de Ciências Agrárias e Engenharias
dc.publisher.initialsUFES
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento
dc.rightsopen access
dc.subjectDiversidade genética
dc.subjectMarcadores moleculares
dc.subjectModelos de nicho
dc.subjectPalma
dc.subjectFloresta tropical
dc.subject.br-rjbnsubject.br-rjbn
dc.subject.cnpqMelhoramento Vegetal
dc.titlePopulation genomics and plhylogeography of Euterpe edulis
dc.title.alternativetitle.alternative
dc.typedoctoralThesis
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